O Shinsengumi é o grupo de operações especiais de Shiogakure, comandado diretamente pelo Tsukigake e composto exclusivamente por chunins e jounins. Entre as funções exclusivas do Shinsengumi estão a proteção pessoal do Tsukikage, missões especiais para assasinatos, e missões rank S de importância estratégica para a vila. O Shinsengumi será dividido em grupamentos de quatro ninjas.